Havnekontoret for Ebeltoft Trafik- og Lystbådehavn ligger centralt mellem fiskerihavnen og lystbådehavnen og lige overfor toiletbygningen.

Da havnen ikke råder over selvbetjeningsautomater til betaling for havneleje og til køb af strøm samt bad, så opfordres alle til at henvende sig til havnekontoret straks efter ankomst.

Se havnekontorets åbningstider  

Det er også i havnekontorbygningen, at du finder sejlerrummet for gæstesejlere.

Området omkring havnekontoret er offentlig P-område uden tidsbegrænsning